Pimpinan universitas adalah rektor dan para pembantu rektor yang bertugas menjalankan fungsi pengelolaan universitas secara keseluruhan, menyelenggarakan pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat, membina dosen, karyawan, mahasiswa serta membina hubungan dengan alumni, baik di lingkungan universitas maupun masyarakat.

Rektor diangkat atau diberhentikan untuk masa jabatan 4 tahun, setelah melalui proses pemilihan yang diadakan khusus dalam suatu rapat terbuka Senat Universitas. Inilah susunan Pimpinan Unesa periode 2014-2018.

Rektor UNESA : Prof. Dr. Warsono, M.S.

Pembantu Rektor I : Dr. Yuni Sri Rahayu, M.Si.

Pembantu Rektor II : Drs. Tri Wrahatnolo, M.Pd., M.T.

Pembantu Rektor III : Dr. Ketut Praseto, M.S.

Pembantu Rektor IV : Prof. Dr. Djodjok Soepardjo, M. Litt.